>Nagios и mysql запускают скрытые процессы, это нормально?
>Проверял утилитой chkproc из набора chkrootkit.

Чисто юридически к ним не придраться-сырцы тебе дали, ты сам запустил, никто от тебя ничего не скрывал, а чисто по-человечески это конечно малоприятно.
А дай побольше инфы че там к чему.