>Объясните, почему так?
>FreeBSD, sh.
>ps -aux|grep ICQ - пусто
>смотрю PyICQt.pid, равен скажем 4000
>ps -aux|grep 4000 - выводит, что запущен PyICQt.py
>после этого ps -aux|grep ICQ начинает показывать, что PyICQt.py работает.
>Где затупил?

Если все так как пишешь, то такого не может быть.
Варианты
Изначально писал ICQ маленькими буквами, опечатался и т. п.
В первый раз программа еще не запустилась.