Понимаешь... ты походу сам не понимаешь о чем пишешь. Если бы софт собранный последний раз в 2000 году, больше не запускался, то он и во флетпаке бы не запускался. Если он всё же запускается во флетпаке, то значит запустится и без него.У меня есть нативная сборка HOMM3 под linux, она выпущена толи в 1999г, толи в 2000. И до сих пор работает на kernel 6.1. Там два варианта бинарника: статический и динамический. Статический просто запускаешь и всё, и он работает без каких-то танцев с бубном. Для динамического надо подложить старые либы, включая линковщик ld.so, libc.so и всё остальное. Но даже он работает.
Так что ты несешь какой-то бред про то, что кто-то тут с чем-то не сталкивался. Очевидно просто, что ты врешь