Вероятные причины: Туннель, блокировка ICMP, "path MTU discovery" и ECN (Explicit Congestion Notification,
ECN проявляется в основном при доступе через Proxy).
При блокировке ICMP трафика, возможно блокируется не только echo_replay/echo_request ICMP сообщения,
но и другие важные сообщения
передаваемые по ICMP. При блокировке ICMP сообщений типа 3.4 (fragmentation needed and DF set) возможно
нарушение нормальной фрагментации пакетов, что вполне может проявляться как внезапная остановка передачи
данных большого объема и разрыв сесcии по таймауту, например, если на пути трафика встречается туннель.
Одним из путей решением проблемы, является установка на туннеле MTU > 1500 и отмена блокировки ICMP трафика.
Проблемы с ECN в Linux лечатся:
    echo 0 >/proc/sys/net/ipv4/tcp_ecn
path MTU discovery:
    Linux: echo 1 > /proc/sys/net/ipv4/ip_no_pmtu_disc
    FreeBSD: sysctl -w net.inet.tcp.rfc1323=0

URL:
Обсуждается: http://www.opennet.ru/tips/info/211.shtml