The OpenNET Project / Index page

[ новости /+++ | форум | wiki | теги | ]



"Проблемы с установкой GROMACS"
Вариант для распечатки  
Пред. тема | След. тема 
Форум Открытые системы на рабочей станции (Математика и наука / Linux)
Изначальное сообщение [ Отслеживать ]

"Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Isothiocyanate (ok), 01-Июн-19, 10:32 
Добрый день!

На debian 9.8 x64 установил gromacs 2016.1-2
Установка прошла успешно, но каталоги

/usr/local/gromacs/bin/mdrun
/usr/gromacs/bin/mdrun
/usr/bin/mdrun

не существуют

поиск бинарника mdrun в / не дал результата

каталог с обучалками /usr/share/tutor  тоже не существует

user1@debian999:~$ mdrun -v
bash: mdrun: команду не знайдено

И другие команды программы тоже.

Что произошло? Почему не установился GROMACS?
Как лечить?

Ответить | Правка | Cообщить модератору

Оглавление

Сообщения [Сортировка по времени | RSS]


1. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Isothiocyanate (ok), 01-Июн-19, 10:35 
/.
/usr
/usr/bin
/usr/bin/demux
/usr/bin/gmx
/usr/bin/gmx_d
/usr/bin/xplor2gmx
/usr/share
/usr/share/doc
/usr/share/doc/gromacs
/usr/share/doc/gromacs/AUTHORS
/usr/share/doc/gromacs/README.Debian
/usr/share/doc/gromacs/README.gz
/usr/share/doc/gromacs/changelog.Debian.gz
/usr/share/doc/gromacs/copyright

спосок установленных файлов в пакете gromacs

mdrun и многого другого просто нет.
Подключать репозиторий с сайта проекта с более новой версией или качать пакеты вручную?


Ответить | Правка | ^ к родителю #0 | Наверх | Cообщить модератору

2. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Isothiocyanate (ok), 01-Июн-19, 12:56 
> mdrun и многого другого просто нет.
> Подключать репозиторий с сайта проекта с более новой версией или качать пакеты
> вручную?

Скачал
http://manual.gromacs.org/documentation/2019.1/download.html

Провел компиляцию согласно инструкции
http://manual.gromacs.org/documentation/2019.1/install-guide...

Результат тот же, файла mdrun нигде нет

Ответить | Правка | ^ к родителю #1 | Наверх | Cообщить модератору

3. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от ford1813 (ok), 01-Июн-19, 14:26 
>> mdrun и многого другого просто нет.
>> Подключать репозиторий с сайта проекта с более новой версией или качать пакеты
>> вручную?
> Скачал
> http://manual.gromacs.org/documentation/2019.1/download.html
> Провел компиляцию согласно инструкции
> http://manual.gromacs.org/documentation/2019.1/install-guide...
> Результат тот же, файла mdrun нигде нет

Скачайте пакет и через mc посмотрите содержимое  deb пакета, и вы убедитесь что этих каталогов и данного бинарника в пакете нет.

Ответить | Правка | ^ к родителю #2 | Наверх | Cообщить модератору

4. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от DiabloPC (ok), 02-Июн-19, 05:53 
> user1@debian999:~$ mdrun -v
> bash: mdrun: команду не знайдено

A кто сказал что такой бинарник должен быть?


Документацию читать религия не позволяет?
http://manual.gromacs.org/documentation/5.1/onlinehelp/gmx-m...

Ответить | Правка | ^ к родителю #0 | Наверх | Cообщить модератору

5. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Isothiocyanate (ok), 02-Июн-19, 07:59 
>> user1@debian999:~$ mdrun -v
>> bash: mdrun: команду не знайдено
> A кто сказал что такой бинарник должен быть?

Файл с названием mdrun есть в папке в которой происходила компиляция в 6 разных вариациях (может оно и не совсем бинарник) и разных директориях. И в виде исходного кода в директории /src/programs/mdrun в архиве с кодом программы.


> Документацию читать религия не позволяет?
> http://manual.gromacs.org/documentation/5.1/onlinehelp/gmx-m...

Я по учебнику работал:
https://books.ifmo.ru/file/pdf/2363.pdf
там команда mdrun, в мане gmx mdrun и другие опции, но суть та же , просто новая версия программы.
Более того, в учебнике проверка вышеуказанных директорий для бинарника mdrun обязательна, если бинарника нет - программа не работает.
Они что, разделили один бинарник на кучу подпрограмм? Но зачем, он ведь выполнял тупо одну функцию.

Но все равно
user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
bash: gmx: команду не знайдено

Ответить | Правка | ^ к родителю #4 | Наверх | Cообщить модератору

6. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от DiabloPC (ok), 02-Июн-19, 16:30 

> Но все равно
> user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
> bash: gmx: команду не знайдено

A куда CMAKE_INSTALL_PREFIX при установке с исходников указывал?
Вот там и искать бинарь gmx

Ответить | Правка | ^ к родителю #5 | Наверх | Cообщить модератору

7. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Isothiocyanate (ok), 03-Июн-19, 12:50 
>> Но все равно
>> user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
>> bash: gmx: команду не знайдено
> A куда CMAKE_INSTALL_PREFIX при установке с исходников указывал?
> Вот там и искать бинарь gmx

* "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx" to install GROMACS to a non-standard
  location (default "/usr/local/gromacs")

в субдиректории /usr/local/gromacs/bin лежат бинарники, в том числе и gmx
но mdrun нету.
Я так понял, функцию mdrun выполняет gmx наряду с другими функциями?

user1@debian999:/usr/local/gromacs/bin$ ./gmx
                         :-) GROMACS - gmx, 2019.1 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd    
Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray    
  Gerrit Groenhof     Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen  M. Eric Irrgang  
  Aleksei Iupinov   Christoph Junghans     Joe Jordan     Dimitrios Karkoulis
    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson    
  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg     Erik Marklund  
    Pascal Merz     Pieter Meulenhoff    Teemu Murtola       Szilard Pall  
    Sander Pronk      Roland Schulz      Michael Shirts    Alexey Shvetsov  
   Alfons Sijbers     Peter Tieleman      Jon Vincent      Teemu Virolainen
Christian Wennberg    Maarten Wolf  
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx, version 2019.1
Executable:   /usr/local/gromacs/bin/./gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs
Working dir:  /usr/local/gromacs/bin
Command line:
  gmx

SYNOPSIS

gmx [-[no]h] [-[no]quiet] [-[no]version] [-[no]copyright] [-nice <int>]
    [-[no]backup]

OPTIONS

Other options:

-[no]h                     (no)
           Print help and quit
-[no]quiet                 (no)
           Do not print common startup info or quotes
-[no]version               (no)
           Print extended version information and quit
-[no]copyright             (yes)
           Print copyright information on startup
-nice   <int>              (19)
           Set the nicelevel (default depends on command)
-[no]backup                (yes)
           Write backups if output files exist

Additional help is available on the following topics:
    commands    List of available commands
    selections  Selection syntax and usage
To access the help, use 'gmx help <topic>'.
For help on a command, use 'gmx help <command>'.

GROMACS reminds you: "Been There, Done It" (Beavis and Butthead)


Ответить | Правка | ^ к родителю #6 | Наверх | Cообщить модератору

8. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Isothiocyanate (ok), 03-Июн-19, 12:54 
user1@debian999:/usr/local/gromacs/bin$ ./gmx mdrun -s
                      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2019.1 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd    
Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray    
  Gerrit Groenhof     Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen  M. Eric Irrgang  
  Aleksei Iupinov   Christoph Junghans     Joe Jordan     Dimitrios Karkoulis
    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson    
  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg     Erik Marklund  
    Pascal Merz     Pieter Meulenhoff    Teemu Murtola       Szilard Pall  
    Sander Pronk      Roland Schulz      Michael Shirts    Alexey Shvetsov  
   Alfons Sijbers     Peter Tieleman      Jon Vincent      Teemu Virolainen
Christian Wennberg    Maarten Wolf  
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx mdrun, version 2019.1
Executable:   /usr/local/gromacs/bin/./gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs
Working dir:  /usr/local/gromacs/bin
Command line:
  gmx mdrun -s


-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2019.1
Source file: src/gromacs/options/options.cpp (line 190)
Function:    void gmx::internal::OptionSectionImpl::finish()

Error in user input:
Invalid input values
  In option s
    No file name was provided, and the default file 'topol' does not exist or
    is not accessible.
    The following extensions were tried to complete the file name:
      .tpr

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
user1@debian999:/usr/local/gromacs/bin$

Выдало ошибку ввиду отсутствия файла *.trp на входе. Это уже радует.
Так что , мне по бинарнику каждую программу так запускать?

Ответить | Правка | ^ к родителю #7 | Наверх | Cообщить модератору

9. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от DiabloPC (ok), 04-Июн-19, 06:05 
> Так что , мне по бинарнику каждую программу так запускать?

Как вариант:
$ ln -s /usr/local/gromacs/bin/gmx /usr/bin/gmx
А дальше
$ gmx bla_bla_bla

Можно ещё алиасов в .bashrc понарисовать по типу
alias mdrun="/usr/local/gromacs/bin/gmx mdrun"

И запускать просто
$ mdrun

Ответить | Правка | ^ к родителю #8 | Наверх | Cообщить модератору

10. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Isothiocyanate (ok), 04-Июн-19, 10:39 
>> Так что , мне по бинарнику каждую программу так запускать?
> Как вариант:
> $ ln -s /usr/local/gromacs/bin/gmx /usr/bin/gmx
> А дальше
> $ gmx bla_bla_bla
> Можно ещё алиасов в .bashrc понарисовать по типу
> alias mdrun="/usr/local/gromacs/bin/gmx mdrun"
> И запускать просто
> $ mdrun

1. Можно ссылочку где почитать/подучить про ln & alias?
2. Я сделал так:
user1@debian999:~$ source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
                      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2019.1 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd    
Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray    
  Gerrit Groenhof     Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen  M. Eric Irrgang  
  Aleksei Iupinov   Christoph Junghans     Joe Jordan     Dimitrios Karkoulis
    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson    
  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg     Erik Marklund  
    Pascal Merz     Pieter Meulenhoff    Teemu Murtola       Szilard Pall  
    Sander Pronk      Roland Schulz      Michael Shirts    Alexey Shvetsov  
   Alfons Sijbers     Peter Tieleman      Jon Vincent      Teemu Virolainen
Christian Wennberg    Maarten Wolf  
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx mdrun, version 2019.1
Executable:   /usr/local/gromacs/bin/gmx
Data prefix:  /usr/local/gromacs
Working dir:  /home/user1
Command line:
  gmx mdrun -s


-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2019.1
Source file: src/gromacs/options/options.cpp (line 190)
Function:    void gmx::internal::OptionSectionImpl::finish()

Error in user input:
Invalid input values
  In option s
    No file name was provided, and the default file 'topol' does not exist or
    is not accessible.
    The following extensions were tried to complete the file name:
      .tpr

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
user1@debian999:~$


Ответить | Правка | ^ к родителю #9 | Наверх | Cообщить модератору

11. "Проблемы с установкой GROMACS"  +/
Сообщение от Аноним (11), 04-Июн-19, 19:35 
> где почитать/подучить про ln & alias?

Про ln - $ man ln

Про алиасы там вообще нечего читать. Оно просто подставляет значения вместо введенной команды
google bash alias

Ответить | Правка | ^ к родителю #10 | Наверх | Cообщить модератору

Архив | Удалить

Рекомендовать для помещения в FAQ | Индекс форумов | Темы | Пред. тема | След. тема




Спонсоры:
Слёрм
Inferno Solutions
Hosting by Ihor
Хостинг:

Закладки на сайте
Проследить за страницей
Created 1996-2019 by Maxim Chirkov
Добавить, Поддержать, Вебмастеру