- Проблемы с установкой GROMACS,
 Isothiocyanate, 10:35 , 01-Июн-19 (1)/.
/usr
/usr/bin
/usr/bin/demux
/usr/bin/gmx
/usr/bin/gmx_d
/usr/bin/xplor2gmx
/usr/share
/usr/share/doc
/usr/share/doc/gromacs
/usr/share/doc/gromacs/AUTHORS
/usr/share/doc/gromacs/README.Debian
/usr/share/doc/gromacs/README.gz
/usr/share/doc/gromacs/changelog.Debian.gz
/usr/share/doc/gromacs/copyrightспосок установленных файлов в пакете gromacs mdrun и многого другого просто нет.
Подключать репозиторий с сайта проекта с более новой версией или качать пакеты вручную?
- Проблемы с установкой GROMACS, DiabloPC, 05:53 , 02-Июн-19 (4)
- Проблемы с установкой GROMACS, Isothiocyanate, 07:59 , 02-Июн-19 (5)
>> user1@debian999:~$ mdrun -v
>> bash: mdrun: команду не знайдено
> A кто сказал что такой бинарник должен быть?Файл с названием mdrun есть в папке в которой происходила компиляция в 6 разных вариациях (может оно и не совсем бинарник) и разных директориях. И в виде исходного кода в директории /src/programs/mdrun в архиве с кодом программы.
> Документацию читать религия не позволяет?
> http://manual.gromacs.org/documentation/5.1/onlinehelp/gmx-m...
Я по учебнику работал:
https://books.ifmo.ru/file/pdf/2363.pdf
там команда mdrun, в мане gmx mdrun и другие опции, но суть та же , просто новая версия программы.
Более того, в учебнике проверка вышеуказанных директорий для бинарника mdrun обязательна, если бинарника нет - программа не работает.
Они что, разделили один бинарник на кучу подпрограмм? Но зачем, он ведь выполнял тупо одну функцию. Но все равно
user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
bash: gmx: команду не знайдено
- Проблемы с установкой GROMACS, DiabloPC, 16:30 , 02-Июн-19 (6)
> Но все равно
> user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
> bash: gmx: команду не знайдено A куда CMAKE_INSTALL_PREFIX при установке с исходников указывал?
Вот там и искать бинарь gmx
- Проблемы с установкой GROMACS, Isothiocyanate, 12:50 , 03-Июн-19 (7)
>> Но все равно
>> user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
>> bash: gmx: команду не знайдено
> A куда CMAKE_INSTALL_PREFIX при установке с исходников указывал?
> Вот там и искать бинарь gmx * "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=xxx" to install GROMACS to a non-standard
location (default "/usr/local/gromacs") в субдиректории /usr/local/gromacs/bin лежат бинарники, в том числе и gmx
но mdrun нету.
Я так понял, функцию mdrun выполняет gmx наряду с другими функциями? user1@debian999:/usr/local/gromacs/bin$ ./gmx
:-) GROMACS - gmx, 2019.1 (-: GROMACS is written by:
Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen
Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd
Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray
Gerrit Groenhof Anca Hamuraru Vincent Hindriksen M. Eric Irrgang
Aleksei Iupinov Christoph Junghans Joe Jordan Dimitrios Karkoulis
Peter Kasson Jiri Kraus Carsten Kutzner Per Larsson
Justin A. Lemkul Viveca Lindahl Magnus Lundborg Erik Marklund
Pascal Merz Pieter Meulenhoff Teemu Murtola Szilard Pall
Sander Pronk Roland Schulz Michael Shirts Alexey Shvetsov
Alfons Sijbers Peter Tieleman Jon Vincent Teemu Virolainen
Christian Wennberg Maarten Wolf
and the project leaders:
Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information. GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version. GROMACS: gmx, version 2019.1
Executable: /usr/local/gromacs/bin/./gmx
Data prefix: /usr/local/gromacs
Working dir: /usr/local/gromacs/bin
Command line:
gmx SYNOPSIS gmx [-[no]h] [-[no]quiet] [-[no]version] [-[no]copyright] [-nice <int>]
[-[no]backup] OPTIONS Other options: -[no]h (no)
Print help and quit
-[no]quiet (no)
Do not print common startup info or quotes
-[no]version (no)
Print extended version information and quit
-[no]copyright (yes)
Print copyright information on startup
-nice <int> (19)
Set the nicelevel (default depends on command)
-[no]backup (yes)
Write backups if output files exist Additional help is available on the following topics:
commands List of available commands
selections Selection syntax and usage
To access the help, use 'gmx help <topic>'.
For help on a command, use 'gmx help <command>'. GROMACS reminds you: "Been There, Done It" (Beavis and Butthead)
- Проблемы с установкой GROMACS, Isothiocyanate, 12:54 , 03-Июн-19 (8)
user1@debian999:/usr/local/gromacs/bin$ ./gmx mdrun -s
:-) GROMACS - gmx mdrun, 2019.1 (-: GROMACS is written by:
Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen
Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd
Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray
Gerrit Groenhof Anca Hamuraru Vincent Hindriksen M. Eric Irrgang
Aleksei Iupinov Christoph Junghans Joe Jordan Dimitrios Karkoulis
Peter Kasson Jiri Kraus Carsten Kutzner Per Larsson
Justin A. Lemkul Viveca Lindahl Magnus Lundborg Erik Marklund
Pascal Merz Pieter Meulenhoff Teemu Murtola Szilard Pall
Sander Pronk Roland Schulz Michael Shirts Alexey Shvetsov
Alfons Sijbers Peter Tieleman Jon Vincent Teemu Virolainen
Christian Wennberg Maarten Wolf
and the project leaders:
Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information. GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version. GROMACS: gmx mdrun, version 2019.1
Executable: /usr/local/gromacs/bin/./gmx
Data prefix: /usr/local/gromacs
Working dir: /usr/local/gromacs/bin
Command line:
gmx mdrun -s
-------------------------------------------------------
Program: gmx mdrun, version 2019.1
Source file: src/gromacs/options/options.cpp (line 190)
Function: void gmx::internal::OptionSectionImpl::finish()
Error in user input:
Invalid input values
In option s
No file name was provided, and the default file 'topol' does not exist or
is not accessible.
The following extensions were tried to complete the file name:
.tpr For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
user1@debian999:/usr/local/gromacs/bin$ Выдало ошибку ввиду отсутствия файла *.trp на входе. Это уже радует.
Так что , мне по бинарнику каждую программу так запускать?
- Проблемы с установкой GROMACS, DiabloPC, 06:05 , 04-Июн-19 (9)
> Так что , мне по бинарнику каждую программу так запускать?Как вариант:
$ ln -s /usr/local/gromacs/bin/gmx /usr/bin/gmx
А дальше
$ gmx bla_bla_bla Можно ещё алиасов в .bashrc понарисовать по типу
alias mdrun="/usr/local/gromacs/bin/gmx mdrun" И запускать просто
$ mdrun
- Проблемы с установкой GROMACS, Isothiocyanate, 10:39 , 04-Июн-19 (10)
>> Так что , мне по бинарнику каждую программу так запускать?
> Как вариант:
> $ ln -s /usr/local/gromacs/bin/gmx /usr/bin/gmx
> А дальше
> $ gmx bla_bla_bla
> Можно ещё алиасов в .bashrc понарисовать по типу
> alias mdrun="/usr/local/gromacs/bin/gmx mdrun"
> И запускать просто
> $ mdrun 1. Можно ссылочку где почитать/подучить про ln & alias?
2. Я сделал так:
user1@debian999:~$ source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
user1@debian999:~$ gmx mdrun -s
:-) GROMACS - gmx mdrun, 2019.1 (-: GROMACS is written by:
Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen
Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd
Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray
Gerrit Groenhof Anca Hamuraru Vincent Hindriksen M. Eric Irrgang
Aleksei Iupinov Christoph Junghans Joe Jordan Dimitrios Karkoulis
Peter Kasson Jiri Kraus Carsten Kutzner Per Larsson
Justin A. Lemkul Viveca Lindahl Magnus Lundborg Erik Marklund
Pascal Merz Pieter Meulenhoff Teemu Murtola Szilard Pall
Sander Pronk Roland Schulz Michael Shirts Alexey Shvetsov
Alfons Sijbers Peter Tieleman Jon Vincent Teemu Virolainen
Christian Wennberg Maarten Wolf
and the project leaders:
Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information. GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version. GROMACS: gmx mdrun, version 2019.1
Executable: /usr/local/gromacs/bin/gmx
Data prefix: /usr/local/gromacs
Working dir: /home/user1
Command line:
gmx mdrun -s
-------------------------------------------------------
Program: gmx mdrun, version 2019.1
Source file: src/gromacs/options/options.cpp (line 190)
Function: void gmx::internal::OptionSectionImpl::finish()
Error in user input:
Invalid input values
In option s
No file name was provided, and the default file 'topol' does not exist or
is not accessible.
The following extensions were tried to complete the file name:
.tpr For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
user1@debian999:~$
- Проблемы с установкой GROMACS, Аноним, 19:35 , 04-Июн-19 (11)
> где почитать/подучить про ln & alias?Про ln - $ man ln Про алиасы там вообще нечего читать. Оно просто подставляет значения вместо введенной команды
google bash alias
|
Версия для распечатки
Проблемы с установкой GROMACS, 
