> Так что , мне по бинарнику каждую программу так запускать?

Как вариант:
$ ln -s /usr/local/gromacs/bin/gmx /usr/bin/gmx
А дальше
$ gmx bla_bla_bla

Можно ещё алиасов в .bashrc понарисовать по типу
alias mdrun="/usr/local/gromacs/bin/gmx mdrun"

И запускать просто
$ mdrun