Docker - это  Docker. По сути еще один API (еще один велосипед) для работы с виртуализируемыми средами, наряду с lxc (тоже использует cgroups), xenapi, vmware и прочим (а libvirt, да, попытка все это объединить).
Причем не для чего кроме как поиграться он сейчас не готов (в продакшене в лучшем случае для деплоя тестового окружения при разработке), и у меня стойкое ощущение что в ближайшие годы не будет.
Использование его для десктопа действительно сделает linux очень похожим на винду, где к каждому приложению надо свой набор библиотек, а система всеми силами пытается эмулировать всю кучу abi, которые когда-то были нативными для приложений.