Согласен с Вами в первой части.
А по второй могу сказать, что это всё решаемо, только надо как-то простимулировать разработчиков.
У нас один заказчик хотел, чтобы исходный код был ему доступен, как раз для того чтобы мы не встроили туда каких-нибудь backdoor'ов. А нашей интеллектуальной собственностью являлся модуль расчётов, который передавать никому не желали.
Написали свою урезанную виртуальную машину типа jre, есть множество уже готовых.
в ней есть только буферы для чтения и записи. Больше всего времени ушло на защиту от декомпиляции с зачатками полиморфизма.
Из минусов - это не получилось нормально привязаться к железу, чтобы ограничить тиражирование нашего продукта. Но с этим у всех проблемы.