Квоты помогут, только если диск достаточно просторный, чтобы хватило и системе (например, на обновления), и программам (антивирусу, например, наплевать на квоты), и пользователю (он же видит, что место на диске есть, а использовать его не может!).
Поэтому, если после установки системы и программ на системном диске осталось всего гиг пять, квоты способны только создать геморрой. Особенно если пользователь не один.