Сам с месяц назад напоролся на такую проблему. решение заняло около 3 часов. после консультации с сетевым специалистом, начал копать в сторону mtu (хотя подозрения на этот счет были сразу). поиск по конфигам shorewall (именно им пользуюсь для удобства управления iptables. рекомендую всем) привел к интересным коментариям:

[From the kernel help:
#
#    This option adds a `TCPMSS' target, which allows you to alter the
#    MSS value of TCP SYN packets, to control the maximum size for that
#    connection (usually limiting it to your outgoing interface's MTU
#    minus 40).
#
#    This is used to overcome criminally braindead ISPs or servers which
#    block ICMP Fragmentation Needed packets.  The symptoms of this
#    problem are that everything works fine from your Linux
#    firewall/router, but machines behind it can never exchange large
#    packets:
#        1) Web browsers connect, then hang with no data received.
#        2) Small mail works fine, but large emails hang.
#        3) ssh works fine, but scp hangs after initial handshaking.
# ]

Собственно решение превратилось в активацию в shorewall опции
CLAMPMSS=Yes