>Возникает вопрос - а зачем в системе, где живет БД, присутствуют какие-то программы и библиотеки, не связанные с работой БД?

Эти библиотеки связаны с работой дистрибутива системы в целом. Есть такие люди - мантейнеры, они владеют темой, задайте вопрос им.

> И зачем их обновлять, если это в 99% случаев никак не повлияет на работу в БД?

Единичные обновления не повлияют, но потом будет большой геморрой искать проблему обновления в большущей пачке изменений. Так что тут гораздо разумнее сделать несколько маленьких безопасных шагов, чем потом широко шагнуть, порвать штаны и плюхнуться в лужу.

> Ну, удачи смигрировать терабайт-другой данных "туда-сюда".

"Терабайт другой"  нагруженной базы держат в кластере. Миграции узла кластера это нормально и штатно. Если база не нагружена и её можно остановить, то с миграцией вообще нет проблем.

> Тысячу раз сделать apt update && apt upgrade (причем без практической пользы) - не сильно интеллектуальный труд.

Тысячу раз сделать apt update && apt upgrade не сложно, это поручают скриптам, тут даже студент не нужен. Администраторам платят за то что они обеспечивают работоспособность системы после этой тысячи раз. И эта задача требует и интеллекта и инженерной подготовки и других качеств.