А разрабы не хотят сделать что-нибудь типа python setup.py bdist_deb? Аналогично bdist_rpm, который уже хз сколько лет работает. Да, он создает не совсем идеальные пакеты и все официальные в репах RHEL и Fedora собраны не так. И что некоторые пакеты написаны с кривым setup.py и могут так не собраться. Но тем не менее, в 95% случаев задачу "поставить / обновить редкий модуль, чтобы в системе не было говна, а пакетный менеджер знал про его зависимости - в т.ч. от сторонних библиотек, версии питона и прочее и оно не сломалось случайно" - оно решает.

Что, как минимум, спасает от приколов pip'а вида "мы поставили libxyz, представляющий libxyz.so.5, потом python-xyz, являющейся оберткой над libxyz, потом обновились дл libxyz.so.6 с новым ABI и наш питоновский модуль сломался, а мы про это не узнали".