У них задачи разные. ТеХ --- это не просто разметка, но и библиография, оглавление, автоматические расстановки переносов на следующую строку, автоматические вставки рисунков с минимизацией количества страниц и т.п. По сути функционал как у текстовых процессоров, но только делается всё через код, а не через GUI. И, соответственно, возможностей намного больше, как, например, модули для подсветки синтаксиса.

А вот LyX --- это как раз и есть текстовый процессор над TeX'ом. Не могу сказать, что очень удобный, но его хватает.