Когда-то я задался вопросом, как отлаживать Bash скрипты так, чтобы можно было попробовать запустить на реальной ФС, но потом при возможности откатить (тоже при сборке LFS). Приходило на ум что-то вроде специальной ФС на уровне ядра: основная ФС - readonly, а изменения сохраняются в отдельный overlay. Откатиться легко, дропнув overlay. Если всё норм - изменения в overlay применяются к основной ФС.

<наркомания>
Ещё возникает мысль - а не положить ли всю ФС под контроль git и сделать git системным пакетным менеджером тогда уж? (git не принципиален, можно взять другую СКВ).
Нужно удалить пакет? - удаляется его коммит, а все, установленные после него, - rebase.
Если у пакета зависимости, то для него создаётся коммит как мерж всех коммитов-зависимостей + изменения самого пакета.
Нужно удалить пакет, от которого зависят другие, вместе с зависимостями? - делаем rebase, удяляя пакет и его зависимости.
</наркомания>