>>> Java EE уже не нужен,
>> Смело.
> Я пока что не нашел ни одной задачи, которую нельзя решить с
> помощью спринга.
> Также не понимаю в чем и где Java EE лучше за Spring.

В унификации и стандартизации.

> Кроме того случая, когда есть древний проект написанный на Java EE и его надо поддерживать.

Java EE 7 это далеко не J2EE.

>> Вы Java EE 7 смотрели?
>> http://habrahabr.ru/company/piter/blog/229213/
> "научитесь обращаться с веб-службами SOAP" - без комментариев.

SOAP уже отменили?

> "исследуете и научитесь использовать API EJB и JPA — от компонентов-сущностей, компонентов-сеансов
> до компонентов, управляемых сообщениями, и многого другого"

Это учебник.

> - про EJB 2.1 много уже написано и сказано,

Сейчас актуальны EJB 3.2 как бы.

> а про JPA - есть очень хорошая презентация
> https://www.youtube.com/watch?v=YzOTZTt-PR0
> Николай Алименков — Босиком по граблям Hibernate
> - рекомендую.

В видео нет JPA, а рассказ ведётся на примере Hibernate. Hibernate == JPA 1.0 - 2006 год.
JPA 2.1 (2013 год) из Java EE 7 привносит доступ к хранимым процедурам. А новый Criteria API позволяет делать запросы не только на выборку, но и на пакетное обновление и удаление.
Наконец, описание схемы базы данных и единиц хранения в persistence.xml.

>>> http://projects.spring.io/spring-framework/
>>> подходит для проектов практически любой сложности,
>> А Spring какую спецификацию, по-вашему, реализует?!
> Ставить знак равенства между спрингом и Java EE - это слишком.

Вот и я говорю: Spring лишь частично реализует спецификацию Java EE, остальное делает по-своему, нестандартным образом. И чем дальше, тем быстрее отстаёт от мейнстрима.