>> Java EE уже не нужен,
> Смело.

Я пока что не нашел ни одной задачи, которую нельзя решить с помощью спринга.

Также не понимаю в чем и где Java EE лучше за Spring. Кроме того случая,
когда есть древний проект написанный на Java EE и его надо поддерживать.

> Вы Java EE 7 смотрели?
> http://habrahabr.ru/company/piter/blog/229213/

"научитесь обращаться с веб-службами SOAP" - без комментариев.

"исследуете и научитесь использовать API EJB и JPA — от компонентов-сущностей, компонентов-сеансов до компонентов, управляемых сообщениями, и многого другого"

- про EJB 2.1 много уже написано и сказано,
а про JPA - есть очень хорошая презентация
https://www.youtube.com/watch?v=YzOTZTt-PR0
Николай Алименков — Босиком по граблям Hibernate
- рекомендую.

>> http://projects.spring.io/spring-framework/
>> подходит для проектов практически любой сложности,
> А Spring какую спецификацию, по-вашему, реализует?!

Ставить знак равенства между спрингом и Java EE - это слишком.

чтобы долго не рассказывать:
http://www.slideshare.net/reza_rahman/java-ee-and-spring-sid...
3 и 4 слайды.