Экзотичные OS/конфиги это, например, кто? FreeBSD, NetBSD, OpenBSD, Minix, кросс-компиляция с помощью mingw32, кросс-компиляция под gp2x, компиляция микрософтовским cl под wine - это только то с чем я сталкивался, всё работает без запинки. Про понять вы тоже соврамши - логгинг там такой же как у configure, только без мусора из тонн шеллового кода - вот тестовый код, так компилировался, такие ошибки.
"С чем сравнивать" это вы тоже дали, потому что сравнивать не с чем. Ну разве что с autocrap которые вы охарактеризовали совершенно точно, но несмотря на это они со своей задачей обычно справляются, а если нет их можно (хотя и сложно и всегда неприятно) подхачить. CMake справляется изкоробки гораздо чаще, и исправляется патчем в пару строк который всё равно можно отправить в upstream, если не просто определением переменной. А больше ничего и нет.