URL: https://www.opennet.ru/cgi-bin/openforum/vsluhboard.cgi
Форум: vsluhforumID3
Нить номер: 74736
[ Назад ]

Исходное сообщение
"Энтузиаст намерен создать в GitHub открытый проект c расшифр..."

Отправлено opennews , 15-Фев-11 13:40 
Руководитель компании Digital Bazaar
придумал (http://manu.sporny.org/2011/public-domain-genome/) новый оригинальный открытый проект - он намерен заказать у компании 23andme (https://www.23andme.com/) расшифровку своего генома и опубликовать результаты в виде открытого проекта. Разместить проект, в котором будет представлено около одного миллиона ДНК-маркеров, планируется в сервисе GitHub. Данные планируется перевести в категорию общественного достояния (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9E%D0%B....

Проект станет также одним из самых значительных публично доступных наборов персональных данных, никто ранее не публиковал столь подробных сведений о конкретном человеке. В будущем, с развитием науки, используя представленные данные, любой желающий сможет  изменить геном как ему заблагорассудится и сформировать производного человека на основе модифицированного ДНК, или со...

URL: http://www.geek.com/articles/geek-cetera/man-decides-to-open.../
Новость: http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=29606


Содержание

Сообщения в этом обсуждении
"Энтузиаст намерен создать в GitHub открытый проект c расшифр..."
Отправлено pavlinux , 15-Фев-11 13:40 
> изменить геном как им заблагорассудится и сформировать
> производного человека на основе модифицированного ДНК

Я даже догадываюсь какую часть генома будут увеличивать. :)


"Энтузиаст намерен создать в GitHub открытый проект c расшифр..."
Отправлено prapor , 15-Фев-11 13:54 
Явно не отвечающую за интеллект.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Амнезинус , 15-Фев-11 13:59 
Эксгибиционист! Не стыда, ни совести! ))

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Frank , 15-Фев-11 14:01 
Я с женой посоветовался, и мы решили пересоздать нашего сына, наложив свежие патчи.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено ааа , 15-Фев-11 14:40 
пересобрать же

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено redactor , 15-Фев-11 14:46 
не. именно пересоздать.
вы что. а как же процесс

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Zenitur , 15-Фев-11 14:17 
Хоттабыч!

"Особливо радует Makefile"
Отправлено Bizdelnick , 15-Фев-11 14:26 
manu: entire-genome dna-synthesis embryonic-incubator gestation-chamber
    # TODO: Implement build process, see if Craig Venter can help

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Elhana , 15-Фев-11 14:27 
pull request гораздо интереснее.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Белый Мышь , 15-Фев-11 14:56 
А форки ожидаются?

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Аноним , 15-Фев-11 15:49 
>А форки ожидаются?

Уже 2 есть. Я не шучу. Увеличили скорость бега на 5%, и веки поправили.


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Аноним , 15-Фев-11 15:22 
Куда багрепорты слать?

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено zazik , 15-Фев-11 15:23 
А подобные проекты от Microsoft будут синими и падающими(сдаётся мне, что я уже видел их на улицах своего города)?

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено ФФ , 15-Фев-11 15:58 
./configure manu --with-brain

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено NoName , 15-Фев-11 17:08 
./configure manu --with-no-brain --tits-size 5

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено anonymous , 15-Фев-11 19:56 
>./configure manu --with-no-brain --tits-size 5

--disable-man --enable-woman не помешало бы добавить.


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено ещеодинаноним , 16-Фев-11 13:49 
необходима опция --taiwan, равноценная сумме --enable-man --enable-woman

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено ФФ , 15-Фев-11 15:59 
А вообще неплохо мужик забэкапился :)

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено andrei4ka , 15-Фев-11 16:03 
да уж...

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено zazik , 15-Фев-11 16:49 
> А вообще неплохо мужик забэкапился :)

Это он только железо с софтом забекапил, а данные так не забекапишь.


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Аноним , 15-Фев-11 16:06 
может тоже выставить?
под GPL3)))))))))))))))
типа можете меня переделать

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Аноним , 15-Фев-11 16:17 
И свои исходные коды открывать из-за изменения твоих? Размечтался.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Андрей , 15-Фев-11 16:27 
БСДоид детектед? :)

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Аноним12233 , 16-Фев-11 17:46 
> И свои исходные коды открывать из-за изменения твоих

как раз GNU GPL не заставляет этого делать :-)

незнаю почему BSD-шники вдруг щитают что все изменения в GPL-программах надо возвращать назад разработчику... в реальности обычно как раз наоборот -- разработчку пихают (в upstream) эти патчи, а они ему нафиг не нужны, он их не берёт

открывать изменения -- GNU GPL заставляет ТОЛЬКО в том случае -- если ты распространяешь/передаёшь свой продукт кому-то


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено maxkit , 17-Фев-11 20:41 
> незнаю почему BSD-шники вдруг щитают что все изменения в GPL-программах надо возвращать назад разработчику...

Потому что они читали GPL.


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Аноним , 16-Фев-11 10:49 
>может тоже выставить?

под GPL3)))))))))))))))
типа можете меня переделать

Нет ничего проще — женись.


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено FSA , 15-Фев-11 17:15 
ИМХО, ДНК не главное для человека. Важнее то, как этот человек будет развиваться. Что ему будет доступно для изучения и прочее. Это скорее для животных полезнее, да и то тоже не так ДНК важно. В детстве со мной были кошки. Всегда были спокойными, "белыми" и "пушистыми". Даже сиамская кошка. При этом она действительно была сиамская и становилась дикой, как это у них заложено генетически, при угрозе (по её мнению). Любую собаку просто в клочья разорвать пыталась, а уж щенков ей лучше вообще не показывать. Но при этом с людьми всегда была спокойна даже после "обороны". Даже своих котят ближе к человеку под одеяло приносила.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено pavlinux , 15-Фев-11 19:33 
Если глянете в новость, то увидите, что из 10 млн. маркеров,
распознано только 15000, что составляет 0.15% кода.
Какое нафиг клонирование, если 99.85% данных не известны.
Тут никакое экстраполирование не спасёт.



"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Аноним , 16-Фев-11 12:30 
Дык эта... Человеческий геном полностью расшифрован в результате широкомасштабных исследований (была еще драма с попыткой каких-то м$%аков запатентовать гены) где-то в 2000х, разве нет? И тут выясняется, что распознано только 0.15% маркеров. У меня, наверно, хреново с биологией

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Doc_x800 , 16-Фев-11 12:50 
в том проекте была полностью прочитана нуклеотидная последовательность ДНК человека, до расшифровки там еще очень далеко, это как если убрать из текста все пробелы и знаки препинания и попробовать его прочитать (аналогия не очень)

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено angel_il , 17-Фев-11 11:07 
кроме одиночных генов есть еще сочетания генов, и сочетаний ооочень много...

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено xv , 16-Фев-11 13:59 
Там большая часть - "мусорная ДНК", долгое время считалось, что она не нужна и белков не кодирует.
Но последние исследования показывают, что "мусорная ДНК" не такая мусорная, как казалось: тоже кодирует кое-что и выполняет регуляторные функции.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено dmitry , 16-Фев-11 16:15 
> Там большая часть - "мусорная ДНК", долгое время считалось, что она не нужна и белков не кодирует.

Если взглянуть на EXE файл, то там тоже далеко не все байты задействованы в процессе ввода-вывода информации на экран, к примеру, или в процессе записи на диск. Из чего вовсе не следует что остальные 99% байт в программе - мусорные...

Нашли в совершенно непонятном пока коде 15 тысяч фрагментов данных в которых записана информация о 15 тысячах белков и сделали вывод что все остальное - мусор... Сильно...


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено xv , 16-Фев-11 18:26 
Исследователи вообще-то не настолько тупые, как вы думаете, и тоже сомневались в ненужности Noncoding DNA. Просто доказательств долго не было. Сейчас есть.
Кстати, сравнивать сделанный компилятором исполняемый файл и ДНК, которая формировалась под действием естественного отбора и в которой много участков, случайно изменённых мутациями,а также кусков РНК вирусов- это, мягко говоря, неправильно.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Doc_X800 , 17-Фев-11 18:12 
НИкто и не думал о ненужности некодирующих фрагментов ДНК, думали лишь о том, какую же они функцию выполняют

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено the joker , 15-Фев-11 20:40 
> ИМХО, ДНК не главное для человека.

Точно! Лишь бы человек был хороший. А его ДНК мы и сами добудем.


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c расшифровкой сво..."
Отправлено Doc_x800 , 16-Фев-11 10:00 
Название новости надо бы сменить....
Расшифровка ДНК и опубликование ДНК маркеров далеко не одно и то же.
Это я вам как молекулярный биолог со стажем говорю

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено pavlinux , 16-Фев-11 17:34 
Думается, что расшифровка ДНК, это такой же бред как и машина времени.

Тут вот доказали, что два фотона в вакууме и то воздействуют друг на друга,
теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.) Конечно возможно исключить
всякий бред, типа предрасположенность к перхоти и её влияние на эрекцию. (и то доказать надо) :)


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено thesame , 17-Фев-11 13:01 
> теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
> Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.)

10 миллионов маркеров - это 10 миллионов подпрограмм, вообще-то, так что комбинаторика тут ни при чем. И, кстати, из этих 10 миллионов значительная часть - биологическая libc, общая для всего живого.
Так что я бы не стал говорить о принципиальной невозможности расшифровки ДНК. Другое дело, что в этом коде могут быть скрыты такие бездны, что водородная бомба покажется безобидной хлопушкой. Если Великий программист не пожелал открыть свои исходники, а мы все равно пытаемся их реассемблировать - это тема для бесчисленных романов ужасов. Главное, чтобы они были выпущены под правильной лицензией. :)



"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено pavlinux , 17-Фев-11 17:19 
>> теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
>> Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.)
> 10 миллионов маркеров - это 10 миллионов подпрограмм, вообще-то, так что комбинаторика тут ни при чем.

Во, значит ещё больше, так у подпрограммы может быть разные результаты...

>это тема для бесчисленных романов ужасов.

... например разные степени размягчения костной ткани, при последней степени
переломы не почём - будет отскакивать как мячик :)


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено thesame , 17-Фев-11 17:51 
>>> теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
>>> Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.)
>> 10 миллионов маркеров - это 10 миллионов подпрограмм, вообще-то, так что комбинаторика тут ни при чем.
> Во, значит ещё больше, так у подпрограммы может быть разные результаты...

гм. вообще-то для каждой функции (гена) могут быть разные реализации, но если вместо одной функции окажется другая, то программа скорее всего сломается. например, если я вызову rename, а на ее месте в системной библиотеке окажется unlink. :)
а во-вторых, геном двух любых представителей homo sapiens sapiens совпадает на 99.5%. считая, что среднее число реализаций - не больше пяти (berkeley, svr4, gnu, microsoft, apple), получаем 50000 в пятой степени - огромное число, но все же не 10000000! :)


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено pavlinux , 17-Фев-11 18:00 
> а во-вторых, геном двух любых представителей homo sapiens sapiens совпадает на 99.5%.

А можно замутить родимое пятно на спине в виде 5 купольного храма?  


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено thesame , 18-Фев-11 13:04 
Теоретически - да. На практике, я бы не советовал... Родимое пятно - это локальный сбой в ДНК, т.е. любое случайное воздействие, то же аномально жаркое лето aka жесткое солнечное излучение, может сработать спусковым крючком, который приведет к молниеносному раку.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено Адм_крск , 17-Фев-11 23:37 
Ну почему не пожелал - просто не кому было, когда он компилил всё. Не думаете же вы, что он у этой консоли миллионы лет сидит-ждет, пока из крестиков-ноликов ИИ возникнет.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено thesame , 18-Фев-11 13:06 
> Ну почему не пожелал - просто не кому было, когда он компилил
> всё. Не думаете же вы, что он у этой консоли миллионы
> лет сидит-ждет, пока из крестиков-ноликов ИИ возникнет.

Так он должен был предвидеть заранее... ;)


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено Doc_X800 , 17-Фев-11 18:07 
Уважаемый не судите о том, в чем АБСОЛЮТНО не разбираетесь...вы сейчас такой БРЕД сказали, что просто невозможно аналогию ему привести.
Так вот комибинаторика к расшифровке ДНК никакого отношения не имеет. Есть ряд закономерностей в строении гена, различных сигналах, кодируемых ДНК. А те маркера о которых идет речь, это всего лишь маркера в которых определяется так называемый одно-нуклеотидный полиморфизм, чтобы Вам было понятней, при помощи таких маркеров (кстати всего 17 штук)проводят идентификацию личности. Плюс если Вы вдруг вспомните школьный курс биологии, то с удивлением для себя обнаружите, что вся геномная ДНК упакована в хромосомы, и, о чудо, это есть ничто иное как комплекс ДНК с белками, притом довольно сложный. Погуглите при случае "гистоны", много нового узнаете.

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено pavlinux , 17-Фев-11 18:20 
> Уважаемый не судите о том, в чем АБСОЛЮТНО не разбираетесь...вы сейчас такой
> БРЕД сказали, что просто невозможно аналогию ему привести.

Тут как бы не сайт генетиков :)

> Так вот комибинаторика к расшифровке ДНК никакого отношения не имеет. Есть ряд
> закономерностей в строении гена, различных сигналах, кодируемых ДНК. А те маркера
> о которых идет речь, это всего лишь маркера в которых определяется
> так называемый одно-нуклеотидный полиморфизм, чтобы Вам было понятней, при помощи таких
> маркеров (кстати всего 17 штук)проводят идентификацию личности.

То есть, по этим 17 штукам можно сказать, что я негр, 25 лет, 204 см росту,
120 килограмм, блондин, с перхотью, и на правой ягодице родинка диаметром 2.9178 мм,
а последний коренной зуб вывалился в 24 мая 2009 года.

А то функция printf() тоже всем известна, но сколько гадости можно наделать с её помощью.


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено Doc_X800 , 17-Фев-11 18:31 
новость попала сюда? сюда. глупость не зная предмета сказали вы? вы. А что такое идентификация личности Вам видимо вообще неизвестно. добавить нечего.
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9... а это вам на закуску для самообразования. и впредь потрудитесь хоть что-нибудь почитать о предмете обсуждения, а уж потом нести ересь

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено pavlinux , 17-Фев-11 18:54 
> новость попала сюда? сюда. глупость не зная предмета сказали вы? вы. А
> что такое идентификация личности Вам видимо вообще неизвестно.

А что такое личность?! По ДНК можно распознать ходячую биомассу, но не личность.

> что-нибудь почитать о предмете обсуждения, а уж потом нести ересь

Чукча не читатель, чукча писатель. :)


"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено Doc_X800 , 17-Фев-11 21:43 
Ага, ключевое слово - "чукча", спасибо, поржал

"Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ..."
Отправлено pavlinux , 17-Фев-11 22:00 
> Ага, ключевое слово - "чукча", спасибо, поржал

Ну вот, наконец... А то я уж думал, молекулярные биологи совсем без чувства юмора.