Вот фрагмент моего файла .fetchmailrc (версия 5.9.0, все работает; изменены имя сервера и пользователя):
-------------------------------------
set syslog
set postmaster "admin"
set bouncemail
set no spambounce
set properties ""
set daemon 300
poll mail.provider.net
proto pop3
user "admin"
pass "topsecretpass"
nokeep
-----------------------------------
Не знаю, как в 6 версии, но мой fetchmail имеет мерзкое свойство помирать во время автоматического перезапуска при изменении fetchmailrc. Проверьте, нет ли у вас подобной беды. Измените "на ходу" конфиг, дождитесь сообщения о перезапуске fetchmail в системном журнале и посмотрите потом, есть ли fetchmail среди живых процессов.
Что касается SMTP - Blein совершенно прав: fetchmail предназначен для сборки почты, а не отправки оной.