> Прошу подсказать - куда его вписать?

Куда-то в /etc/rc.shutdown, но это не точно.
(Пусть это будет здесь, пока настоящие сварщики не придут)

> ДВС.
> Есть маленький скрипт (допустим, /usr/local/sbin/setmyflag.sh), который должен выполняться
> непосредственно перед синхронизацие/размонтированием фс при останове/перезагрузке.
> Скрипт создаёт/удаляет файл.
> Прошу подсказать - куда его вписать?

https://www.freebsd.org/cgi/man.cgi?query=rc.local&sektion=8

> ДВС.
> Есть маленький скрипт (допустим, /usr/local/sbin/setmyflag.sh), который должен выполняться
> непосредственно перед синхронизацие/размонтированием фс при останове/перезагрузке.
> Скрипт создаёт/удаляет файл.
> Прошу подсказать - куда его вписать?

Можно его оформить как свой демон, будет запускаться при старте и выключении, естественно и  при перезагрузке...