ну делаешь так:

<script>
function OpenMyConfirm()
{
window.open("Имя файла HTML в котором будет твоя форма","имя окна","тут параметры создания окна, см метод window.open");
}

function But1Click()
{
alert('But1 click');
}

function But2Click()
{
alert('But2 click');
}

</script>

<input type="button" onclick="OpenMyConfirm();">

все тут у тя будет октрываться окно, в котором ты можешь указать скоко угодно кнопок: Да НЕТ Фигали Иди_Вон и  т.п. для юзеров

В открытом окне на каждой кнопке вешать событие онклик:

<input type="button" onclick="window.parent.opener.But1Click();" value="YES">

<input type="button" onclick="window.parent.opener.But2Click();" value="NO">

вот и все, принцип должен быть понятен, за работоспособность не ручаюсь, т.е. не помню точно правильность или так

window.parent.opener.But1Click();

или так

window.opener.parent.But1Click();

или даже так

window.opener.But1Click();

просто не помню, но вроде первый самый вариант тот.