Вообще-то, в современных Linux /usr может быть на nfs, на squashfs (если это нетбук с носителем от 1 гб), на http-соплях в интернете или ещё в десятки мест, которые позволяют организовать всю схему работы э ф ф е к т и в н е е (а не как у пыхеров и виндузятников и прочих неадекватов: придумали одну малоэффективную схему и пытаются под неё прогнуть то, что даже близко непрогинаемо, или просто объявлять всё, что в схему не вписывается, неверным и кидать в него слюньками и сопельками).

Нет, конечно, современные дистрибутивы любят не считать память, и включать в initrd всё, кроме перламутровых пуговиц, поэтому эта проблема не стоит так остро, можно всё нужное подмонтировать и через initrd. Но есть и маломощные устройства, которые не любят разбрасываться памятью, и возможность легко реализовать нужную схему - она гораздо важнее, чем шок у малышей, которые не могут запомнить, чем отличаются /bin, /sbin, /usr/bin и /usr/sbin (а в debian и некоторых других - ещё и /usr/games)