>В *BSD это деление понятно: мало разработчиков, приходится жертвовать качеством поддержки некритичного софта, и он вынесен в порты.

Неверно. Более того, тезисы - полная хрень от незнания. Сказывается, что в linux dists отсутствует понятие операционной системы и ее границ. В BSD оно есть, и основывается на исходных текстах операционной системы в /usr/src.

#ls /usr/src/
bin sbin lib usr.bin usr.sbin ...

#cd /usr/src
#make
#make install

И система инсталируется в
1 /bin, /lib, /sbin,
2 /usr/bin, /usr/sbin, /usr/lib, /usr/libexec /usr/share

Никто не оформляет систему в виде пакетов, кроме как архивно-дистрибутивных tar.gz
Можно, но смысла крайне мало.

Размеры корневой системы могут быть весьма скромные

# du -sch /bin /sbin /lib /boot/kernel
684k    /bin
5.1M    /sbin
7.3M    /lib
45M    /boot/kernel
58M    total
Там дейсвительно только то, что может понадобиться для старта системы и ее ремонта если что.
К примеру, ничто не мешает системе загрузиться при примонтированном /usr или /usr/local/ с NFS, или еще как (разные ситуации бывают).

Смешивать код операционной систему и сторонних приложений - хороший способ устроить свалку, поэтому его выносят в /usr/local или /usr/pkg. Это просто практически удобно.

И нет никаких заморочек с inintrd или симлинками.