>Я понимаю, что есть команда chown Могу поменять владельца папки, но внутри
>папки остаются тысячи файлов под root. Как бы сделать, что изменились
>и все права внутри папки.

  man chown
  man chmod

Для "особо одаренных" искать что такое рекурсия.