Я пдфку не читал, далее мои догадки.

1. Раз логи там смотрят, с безопасностью у них там не всё плохо. Раз кто-то может склонировать репку из дома, значит ограничения по IP в настройках не включены, значит так надо. Возможно что там практикуется WFH, и работникам разрешено клонировать домой репки. Если репки разрешено клонировать домой через инет, то фирма сотрудникам достаточно доверяет, и наверняка и флешки разрешены. Но проверяет - всё логируется и смотрится СБшниками и их скриптами.

А теперь смотрим. Прошлый и этот годы прошли под вывеской WFH. Если бы он действительно работал, у него дома уже была бы копия репозитория. И не надо было бы ничего выкачивать с гитхаба. А доступ к чужим, причём массовый - вызовет вопросы у СБшников. Я так предполагаю, что у них там простой скрипт, вытягивающий с GH логи, + база, каким сотрудникам с чем разрешено работать. Если сотрудник хочет вытянуть то, с чем он раньше не работал, то ему никто не мешает, но генерируется алерт, и просто к нему потом зайдут и он должен будет обосновать. Или даже не зайдут, а зайдут сначала к руководителю, и если руководитель скажет ОК, то рядовой сотрудник даже и не узнает, что его пасут. Это адекватный подход, не разрушающий рабочие процессы.

2. Вот это огромное палево, почище использования личного акка. Чел наверное хотел смешаться с остальными людьми с доступом к админскому акку. Если клонирование 1-2 репок рядовым сотрудником почти не вызвало бы подозрений и это можно было бы обосновать, то клонирование админом, который единственное что должен делать - это новых сотрудников прописывать, причём клонирование всего подряд - это реально инцидент.

3. Не имеет смысл юзать VPN когда ты и так аутентифицирован. Искать будут не среди тех, у кого есть vpn, а среди тех, у кого есть credentials для акка. Сразу ясно, что это либо инсайдер, либо кто-то взломавший инсайдеров.
4.1 атака корреляции трафика, классика.
4.2 если бы использовал wireguard, то соединение просто бы порвалось и восстановилось

5. привлечь к расследованию главных подозреваемых - очень умный ход.

В общем, всё выглядит очень глупо.