>> Вроде все проверил... А, блин, вместо
>>   rm -r yd-tools/usr
>> написал
>>   rm -r /usr
> Лично я таких вещей боюсь, ибо человек слаб, поэтому считаю правильным
> заводить переменные на всё, относительно чего можно опечататься
> с фатальными последствиями (пути ФС, например).

С переменными бывают казусы вроде как раз bumblebee-шного -- префикс вроде бы оформили, но вот на то, что он непуст, не проверяли.

rm -rf ${PREFIX:?error: empty PREFIX somehow}/usr

было бы в некотором смысле безопасней, да.  Но от невнимания по усталости или вследствие неожиданного переключения контекстов такое не спасёт -- а человек уже объяснил, что такое и случилось.

Бывает... хорошо, что никого не зацепило, по всей видимости.