> Дело не в том, что 16 бит не хватает, а что после hdcd-декодирования нужно делать компрессию, чтобы положить это снова в 16 бит.

При преобразовании HDCD в 16 бит мы по сути делаем тоже самое, что и звукорежиссер переводящий float в 16 бит - откидываем ту часть, которую все равно никто не слышит.

> Потому, что там в итоге выходит "полочка". Несколько сэмплов максимальной амплитуды подряд. Потому что обрезали..

У нас разное понимание термина нормализация: обычно в аудиоредакторах под этим понимают выставление самого большого пика на заданный уровень dB. То есть полочка в принципе не может образоваться от нормализации 0 dB. Она возможна только если попытаться дальше обрабатывать файл. Поэтому на промежуточных стадиях и используют нормализацию -3dB или -6dB, дабы не влезть в клипинг. Но для финальной стадии это не имеет смысла.

> Ну, вообще говоря клиппинг вообще невозможно устранить или обратить.

Верно для обычного (несжатого или сжатого без потерь) потока.
Проблема в том, что при кодировании с потерями, кодируется не просто сам сигнал, но его математическое описание. Поэтому возможна ситуация когда исходный сигнал был близок к 0dB, а декодируемый сигнал получится немного больше.

https://ru.wikipedia.org/wiki/ReplayGain

> Replaygain нужен для выравнивания громкости альбомов друг относительно друга при проигрывании

Да, так его тоже можно использовать - но при этом мы потеряем несколько бит диапазона.