>> Антивирусы на уровне ядра не работают и к активной защите отношения не имеют.
> А как же реализована в антивирусе, например, защита собственных файлов и директорий?

1. Файлы (и директории) находятся в файловой системе, к которой вполне имеется доступ из юзер-спейса при наличии соответсвующих полномочий. Которая (фс) может быть где угодно, а не только на блочном устройстве «C://», главное чтобы её можно было смонтировать.
(гуглите на тему «антивирус+ntfs+потоки», например http://habrahabr.ru/post/116506/)
2. Просматривать ФС на содержание зараженных файлов не достаточно, нужно ещё и проверять память УЖЕ запущенных на выполнение процесов (включая дрова), ПЛЮС мониторить события, происходящие в системе с подозрительной активностью — так называемая проактивная защита Пр. так https://xakep.ru/2014/12/12/events-monitoring/
3. Сабж же совсем о другом — НЕ выявлять, наблюдать за выполнением (и размножением) вирусов в системе, а внедрить в системе такие механизмы, «с помощью которых программам разрешается выполнять только те действия, которые необходимы, исходя из предоставляемой ими функциональности, но не более того». В идеале такую программу просто нельзя «заразить».
Ну вот как-то так. См. например https://ru.wikipedia.org/wiki/PaX, https://ru.wikipedia.org/wiki/Grsecurity
Да и вообще — Hardened Gentoo: описание http://habrahabr.ru/post/13094/
Т.е. это не «антивирус», это «иммунитет» (https://www.google.ru/search?q=%D0%B8%D0%....