Вы знакомы с MS-скими технологиями  COM/DCOM/COM+ ? Так вот, кроме всего выше перечисленного, существует куча корпоративного софта (коробочного и самописного), который для автоматизации использует Word, Excel и прочие MS-ские программы как COM-сервера - т.е. по MS-ским технологиям и протоколам "управляют" COM-компонентами (Word, Excel, IExplorer и  т.п.) в своих целях. Правильно это или неправильно, хорошо или плохо - уже неважно, это данность. Просто так от этого не избавишься, а к большинству программ нет исходников, а иногда уже и не существуют конторки, которые его писали. Все очень сложно, это не пользователей заставить переучиваться или перегнать все документы в нужный формат, это еще и софт переделывать.