> Я недавно попробовал использовать библиотеки FFmpeg и не заметил разницы в API
> с libav. Может, она и есть,

Она не только есть, но и постоянно меняется. И те кто активно пользуется этими либами от этого очень страдают, им приходится буквально сидеть на двух стульях.

В свое время разработчики libav имели наполеоновские планы по перекраиванию апи и по переделке параметров у командлайновых утилей. ИЧСХ, как миниимум часть планов в жизнь воплотилась. Если вас не зацепило - ок, повезло. Но это реально рандом - достаточно немного поискать что думают про это разработчики, активно пользующиеся этими либами.

> за пять лет эта разница мизерна.

Тем не менее, головняка разработчикам подвалило изрядно, а половина скриптов работать перестало. Потому что командлайновые параметры перекроили.

> Просто они начали ломать API в разных направлениях.

Именно. И вот это большая проблема для разработчиков. При том ffmpeg'овские разработчики явно кооперативнее и передирают и libav-шные изменения. А libav - птицы гордые. И улучшения из ffmpeg им не надо. В результате ffmpeg получается лучше - он суперсет libav. И апи все-таки не так агрессивно ломают. И особенно утилиты.