> Кто-то знает более изящное решение чем каждый раз редактировать конфиг вручную?

Не пользовался SAMS, но если я правильно понял задачу, то нужно чтобы SAMS перезаписывал не основной конфиг, а вспомогательный, который можно подключать из основного с помощью опции include.