Начиная с Firefox 3.0, для хранения закладок, истории посещений и других  БД используется SQLite.
При интенсивной и длительной работе с браузером, можно ощутимо уменьшить время
загрузки и производительность выполнения некоторых операций,
через проведение чистки и дефрагментации БД в SQLite.

1. Устанавливаем пакет с sqlite3 или загружаем с сайта http://www.sqlite.org/download.html

2. Не забываем завершить работу Firefox.

3. Выполняем для файлов с расширением .sqlite в директории с профайлом пользователя Firefox:

    sqlite3 имя_файла VACUUM

например,

   sqlite3 places.sqlite VACUUM

4. Опционально:
Создаем скрипт: /bin/firefox_sql

   #!/bin/bash
   find ~/.mozilla/ -name "*.sqlite" |xargs -n1 -I '{}' sqlite3 {} VACUUM
   /usr/bin/firefox $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7 $8 $9

Настраиваем права:

   chmod +x /bin/firefox_sql
   chown root:root /bin/firefox_sql

И заменяем в значках запуска firefox на /bin/firefox_sql. Теперь при запуске
firefox все базы сжимаются.

Способ 2, не требующий рестарта.

Открываем Tools/Error Console, в строке ввода "Code" набираем (одной строкой):

   Components.classes["@mozilla.org/browser/nav-history-service;1"]
   .getService(Components.interfaces.nsPIPlacesDatabase).DBConnection.executeSimpleSQL("VACUUM");

Жмем "Evaluate" и ждем несколько секунд до завершения операции

Способ 3, установить дополнение Vacuum Places (https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/13824)