Предполагается что в полном распоряжении есть FreeBSD 5.X
Разборки "что ставить на сервер: 4.X или 5.X" не обсуждаются.
В случае использования FreeBSD 4.X необходимо вместо mdconfig использовать vnconfig
и вместо gbde использовать vncrypt.

Компилируем ядро с 

   options GEOM_BDE # поддержка шифрованых дисков
   device          md              # Memory "disks"

Создаем директорию, где все будет валяться

   mkdir /usr/cert/

Создаем файл, где будет файловая система (размером 100 мегабайт)

   dd if=/dev/zero of=fimage bs=1m count=100

создаем девайс на основании этого файла и создем там таблицу разделов на весь диск

   mdconfig -a -t vnode -f /usr/cert/fimage -u 0
   disklabel -r -w md0 auto

Инициируем gbde патишен

   gbde init /dev/md0c -i -L /usr/cert/fimage.lock

В текстовом редакторе откроется конфиг файл для этого шифрованого раздела.
Если используется UFS 1 или2 то рекомендуется изменить параметр sector_size с 512 на 2048.

Сохраняемся, вводим два раза пароль, который будет использоваться для доступа к
этому шифрованому разделу.

Подключаем шифрованый раздел (будет запрошен пароль для подключения).

   gbde attach /dev/md0c -l /usr/cert/fimage.lock

Создаем на полученном разделе файловую систему.

   newfs -U /dev/md0c.bde

Создаем директорию, куда будем маунтить:

   mkdir /usr/cert/sslcert

Монтируем

   mount /dev/md0c.bde /usr/cert/sslcert

Типа все работает. Теперь создадим скрит для удобства
монтирования/размонтирования с таким содержанием:

#!/bin/sh

case "$1" in
        start)
                /sbin/mdconfig -a -t vnode -f /usr/cert/fimage -u 0
                /sbin/gbde attach /dev/md0c -l /usr/cert/fimage.lock
                /sbin/mount /dev/md0c.bde /usr/cert/sslcert
        ;;
        stop)
                /sbin/umount /usr/cert/sslcert
                /sbin/gbde detach /dev/md0c
                /sbin/mdconfig -d -u 0
        ;;
        *)
                echo ""
                echo "Usage: `basename $0` { start | stop }"
                echo ""
                exit 64
        ;;
esac


Все, пользуемся в свое удовольствие.

При подготовке использованы источники: FreeBSD Handbook , mdconfig(8), gbde(8)