Итак, ситуация:
  -  новый db-сервер, с mysql 4.1.7
  -  необходимость проапгрейдить клиентскую библиотеку на тех серверах которые к нему будут обращаться.
  - необходимость миграции данных с других mysql, которые 4.0
  - базы все в cp1251

В качестве эксперимента апгрейдим mysql-client до 4.1.7 на первом db-сервере, 
где стоит 4.0.20 и отпадание mysql-client'а на, пусть даже час, ни к чему
фатальному не приведет...
На первый взгляд все гладко заапгрейдилось.

Вечером апгрейдим Mysql-client где надо, чего надо пересобираем... пока все гладко.

Начинаем миграцию данных, с того сервера где мы обновили Mysql-client в первую очередь.

Маленькая ремарка:  mysql-(client|server) были собраны из портов с
    WITH_LINUXTHREADS=yes 
    BUILD_STATIC=yes 
    BUILD_OPTIMIZED=yes
, т.е. с чарсетами по-умолчанию

  - делаем дамп командой mysqldump --opt database > database.sql
  - копируем дамп на новый сервер 
  - там в /etc/my.cnf уже прописано в [mysqld] default-character-set=cp1251.
  - говорим create database db_name
  - потом \. database.sql
  - дамп разворачивается, но... с матами на дублирование ключа и с вопросиками в место русских буковок.
  - пробуем set names cp1251 и снова развернуть дамп - та же история.

Потом пол-дня пробуем всякие разные комбинации с пересборкой mysql-server и всякими 
настройками charset/collation, в результате удосуживаемся присмотреться к дампу 
и увидеть там 'SET NAMES utf8' в самом начале. После замены оного на 'set names cp1251', 
все встало на свои места.

Этот "set names utf8" появился когда новый mysqldump из mysql-client-4.1.7 взялся дампить 
базу с cp1251 и, не получив информацию о collation/charset выставил то, что считал разумным - utf8.

Лечится созданием дампа с --skip-set-charset.