Предположим, что нам нужно проверить SSL сертификат сайта www.test.net

Создаем рабочие директории:

    mkdir -p ~/tmp/cert
    cd ~/tmp/cert

1. Получаем копию сертификата:

   openssl s_client -showcerts -connect www.test.net:443 > test.pem


Запоминаем данные из секции "Server certificate", касающиеся утвердившей сертификат организации:

   cat test.pem| grep issuer

   issuer=/C=US/ST=Arizona/L=Scottsdale/O=GoDaddy.com, Inc./OU=http://certificates.godaddy.com/repository/CN=Go Daddy...

Непосредственно нужный нам сертификат находится в test.pem между метками
"-----BEGIN CERTIFICATE-----"
и "-----END CERTIFICATE-----",  удалять лишнее не обязательно, утилиты openssl
воспримут его и в таком виде.

2. Получаем сертификат удостоверяющего центра, URL которого мы нашли на прошлом шаге в поле issuer:

   wget https://certs.godaddy.com/repository/gd_bundle.crt -O gd.pem

3. Создаем символические ссылки на основе сопоставленных им хешей:

   c_rehash ~/tmp/cert

   Doing  ~/tmp/cert
   test.pem => 1d97af50.0
   gd.pem => 219d9499.0

4. Проверка сертификата.

Удостоверимся, что сертификаты рабочие и загружены корректно:

   openssl verify -CApath ~/tmp/cert/ 

или для проверки текущего состояния сайта в сочетании с ранее сохраненными сертификатами:

   openssl s_client -CApath ~/tmp/cert/ -connect www.test.net:443 | grep "Verify return code:"

   Verify return code: 0 (ok)