Для парсинга и изменения конфигурации Apache удобно использовать модуль
Apache::Admin::Config
(http://search.cpan.org/dist/Apache-Admin-Config)

Пример использования.

Имеем блок конфигурации
   <VirtualHost *:80>
      ServerAdmin rr522@dfghg.com
      DocumentRoot /home/ab/www/data
      ServerName mydomain.com
      ServerAlias mydomain.com *.ydomain.com
      CustomLog /home/ab/log/httpd-access.log combined
      ErrorDocument 101 http://s.org
   </VirtualHost>

Нижеприведенный кусок кода, считает содержимое некоторых директив VirtualHost
для определенного сервера

   use Apache::Admin::Config;
   ...
   
   my $conf = new Apache::Admin::Config "путь к файлу конфигурации" 
      or die $Apache::Admin::Config::ERROR;

   # Перебираем все директивы VirtualHost
   foreach my $vh ( $conf->section('VirtualHost') ) {

      if ( $vh->directive('ServerName')->value eq "имя искомого хоста" ) {
        # Нашли нужный хост, читаем параметры
        my $serveradmin = $vh->directive('ServerAdmin');
        my $costomlog   = $vh->directive('CustomLog');
        my $errorlog    = $vh->directive('ErrorLog');
        my @drtvs4      = $vh->directive('ErrorDocument');
        my $serveralis  = $vh->directive('ServerAlias');
        ....
        # Добавляем новый алиас к параметрам ServerAlias
        $vh->directive('ServerAlias')->set_value($serveralis . " " . "новый алиас");
        ....
        # Записываем измененный файл на диск
        $conf->save;
      }
   }
   ...
   # Пример добавления новой секции VirtualHost с Location внутри.
   my $vhost = $conf->add_section(VirtualHost=>'127.0.0.1');
   $vhost->add_directive(ServerAdmin=>'webmaster@localhost.localdomain');
   $vhost->add_directive(DocumentRoot=>'/usr/share/www');
   $vhost->add_directive(ServerName=>'www.localhost.localdomain');
   $vhost->add_directive(ErrorLog=>'/var/log/apache/www-error.log');
   my $location = $vhost->add_section(Location=>'/admin');
   $location->add_directive(AuthType=>'basic');
   $location->add_directive(Require=>'group admin');
   $conf->save;