Особенность в том, что скрипт будет принудительно завершен, только в момент физического вывода данных, т.е. после сброса буфера, например после отправки большого числа данных или вызова функций ob_flush() и flush(). Если вывода данных клиенту не производится или буфер вывода остается несброшенным, то скрипт так и будет выполняться до истечении времени заданного через параметр настройки PHP - max_execution_time. При этом не важно, в какое значение в конфигурации PHP установлен параметр ignore_user_abort.

В качестве обходного пути для прерывания скриптов в течение длительного времени не производящих вывод данных, например, вследствие выполнения длительного SQL запроса, можно использовать расширение pcntl, вызывая функцию pcntl_alarm(таймаут). В отличие от max_execution_time/set_time_limit, определяющих максимальное время утилизации CPU (при выполнении запросов к SQL серверу процессорное время расходуется минимально и скрипт может оставаться висеть днями), функция pcntl_alarm оперирует секундами реального времени.