Исходные данные:
   Motherboard: GA-965P-DS3 rev. 1.0
   Motherboard BIOS: BIOS F1
   HDD: Samsung HD103UJ (1 Терабайт)
   HDD: Western Digital WD10EACS (1 Терабайт)
   OS: Gentoo Linux
   hdparm v8.6

Проблема:

Недавно я приобрёл два SATA HDD размером в 1000Мб (1Тб): Samsung HD103UJ и
Western Digital WD10EACS.
Я подключил их оба к материнке и к моему удивлению в BIOS один из них (Samsung)
определился как 32Мб.
Манипуляции со шлейфами (портами SATA) биосом, операционкой и другие танцы с бубном не помогали. 
Samsung был реанимирован с помощью HDD Capacity Restore под Windows у товарища. 
Дома диск определился правильно. Предполагая, что проблема была с Samsung'ом я продолжил 
манипуляции с дисками дома. К моему удивлению я через некоторое время обнаружил, 
что Western Digital тоже стал определяться как 32Мб.


Причина:

Причина в том, что материнская плата (BIOS) резервировала некоторое место под свои нужды. 
Это зовется HPA (Host Protected Area). После данной манипуляции по каким-то причинам диск 
начинал определяться неправильно. Насколько мне известно, такое происходит только 
с терабайтными жесткими дисками, если объем меньше, то активизация HPA не повлияет 
на определение размера BIOS'ом. Активизация данной функции (области) происходила при подключении
 к определённому SATA порту. На моей материнке есть два типа SATA портов: т. н. SATA-II 0/1/2/3 
(желтые, от контроллера Intel ICH8) и т. н. GSATA-II 0/1 (красные, от контроллера J-Micron). 
Данный эффект происходил на порту SATA-II 0 (возможно и на других портах SATA-II; по крайней
 мере HDD на GSATA-II 0/1 не затрагивались). Соответственно в первом случае я подключал
 Samsung к SATA-II, а WD к GSATA-II, во втором случае, я их поменял (естественно, я не придавал этому значения).


Решение:

Под Windows данная проблема решается программой HDD Capacity Restore
 http://www.bestvistadownloads.com/download/t-free-hdd-capacity-restore-download-aqauycgh.html

Во  FreeBSD 8 это делается путём установки : hw.ata.setmax="1" в loader.conf

Под Linux это решается стандартными средствами - командой hdparm.

Вот пример:

Диск без HPA:

   $ hdparm -N /dev/sdd
   /dev/sdd:
    max sectors   = 1953525168/1953525168, HPA is disabled

Диск с HPA:

   $ hdparm -N /dev/sdc
   /dev/sdc:
    max sectors   = 586070255/586072368, HPA is enabled

Для отключения HPA для второго случая используем комманду

   $ hdparm -N p586072368 /dev/sdc

То есть мы приравниваем количество секторов, доступных пользователю, к
максимальном количеству секторов на диске.
Буква 'p' необходима для того, чтобы настройки сохранились в flash жесткого диска 
(то есть чтобы после выключения питания они сохранились). Менять параметр с ключем 'p' 
можно только один раз за сессию жесткого диска (сессия - промежуток времени
между включениям и выключением).
После изменения параметра необходимо выключить и включить винчестер (по факту - компьютер).

Что касается решения корня проблемы - есть мнение, что прошивка F7 материнской
платы ее устраняет, но я не пробовал.

Дополнительная информация:

http://en.wikipedia.org/wiki/Host_Protected_Area
http://www.linux.gr/cgi-bin/man/man2html?hdparm+8
http://www.gigabyte.ru/forum/viewtopic.php?f=23&t=25076&p=142923
http://www.gigabyte.com.tw/Products/Motherboard/Products_Spec.aspx?ProductID=2361