Перекомпиляция пакета может понадобиться например, для упаковки более новой версии программы, 
наложения определенного патча или пересборки с особенными опциями.

Устанавливаем программы, необходимые для сборки пакетов:
  apt-get install devscripts 
  apt-get install build-essential

В /etc/apt/sources.list раскомментируем строки с deb-src для нужного репозитория, например:
   deb-src http://ftp.us.debian.org/debian/ etch main non-free contrib

Загружаем пакет с исходными текстами в текущую директорию:
   apt-get source имя_пакета

Если под рукой уже есть .dsc, tar.gz и diff.gz файлы, раскрываем их командой:
   dpkg-source -x имя_пакета.dsc

Устанавливаем зависимые пакеты (библиотеки, заголовочные файлы и т.д.), требуемые для сборки:
   apt-get build-dep имя_пакета

Вносим изменения в появившейся директории "имя_пакета-версия".
Если собрались импортировать в пакет более новую версию программы, то
воспользуемся утилитой uupdate:
   uupdate -u путь_к_tar_gz_архиву_c_более_новой_версией_программы
При этом в автоматическом режиме будут адаптированы патчи от старой версии, 
в случае несостыковок придется исправлять патчи руками.

Собираем пакет:
  cd имя_пакета-версия
  debuild -us -uc

"-us" и "-uc" указываем так как не являемся мантейнером пакета и не можем
создать цифровую подпись для пакета.

Вместо враппера debuild можем напрямую использовать:
   dpkg-buildpackage -rfakeroot

После сборки готовый пакет появится в родительской директории, устанавливаем его:
   cd ..
   dpkg -i <package_file.deb>

Пример для пакета с MySQL:
   mkdir build
   cd build 
   apt-get source mysql-server-5.0
   apt-get build-dep mysql-server-5.0
   cd mysql-dfsg-5.0-5.0.32
   debuild -us -uc
   cd ..
   dpkg -i *.deb