В статье "Build a safe cage for Tomcat" рассмотрены не только общие аспекты безопасности использования Linux в качестве платформы для приложений на Java, но и даны практические рекомендации по настройке Java servlet окружения на базе Tomcat (использование стандартного 80 порта, вместо 8080, помещение в chroot окружение).