В заметке "Meld: graphical tool to diff and merge files" рассказывается об утилитах для для наглядной построчной оценки различий или объединения нескольких файлов с исходными текстами программ.

Можно отметить программы:

• meld (скриншоты)
• kdiff3 (скриншоты)
• kompare (скриншот)
• xxdiff (скриншоты)
• TkDiff (скриншот)
• vimdiff, ediff (Emacs)