Прежде чем что-либо делать с портами в FreeBSD их необходимо обновить:

   # cat >> /etc/make.conf
   SUP_UPDATE=yes
   SUP=/usr/local/bin/cvsup
   SUPFLAGS=-g -L 2
   SUPHOST=cvsup.uk.FreeBSD.org
   SUPFILE=/usr/share/examples/cvsup/standard-supfile
   PORTSSUPFILE=/usr/share/examples/cvsup/ports-supfile
   DOCSUPFILE=/usr/share/examples/cvsup/doc-supfile
   Ctrl + D

   # cd /usr/ports
   # make update

Найти в портах (/usr/ports) порт portupgrade (/usr/ports/ports-mgmt/portupgrade), установить его

   cd /usr/ports/ports-mgmt/portupgrade
   make && make install

После этого можно с помощью утилиты portupgrade уже возможно обновлять
установленные порты (ключ -R говорит о том, что нужно обновить не только порт, но и все его зависимости)

   portupgrade -R имя_порта

Чтобы узнать список портов, нуждающихся в обновлении, существует команда

   pkg_version -v

Для наведения порядка (удаление неиспользуемых портов, дубликатов версий)
в реестре установленных портов (/var/db/pkg) можно воспользоваться командой

   pkgdb -F

Ссылки:
   1. "Системный администратор" (2007.01)
   2. Очистка портов во FreeBSD
       http://www.opennet.ru/base/sys/cleaning_up_ports.txt.html
   3. portupgrade - `обновлялка` установленных портов
       http://www.lissyara.su/?id=1153

URL: http://sozinov.blogspot.com/2007/02/freebsd.html
Обсуждается: http://www.opennet.ru/tips/info/1536.shtml