В данном разделе содержатся краткие сведения об используемых в GnuPG шифрах. При выборе предпочитаемых алгоритмов шифрования следует учитывать, что в других реализациях OpenPGP некоторых из перечисленных шифров может не быть. Стандарт требует, чтобы в любой реализации имелись 3DES, DSA, ElGamal для шифрования и SHA1. Другие шифры могут отсутствовать.

Длина ключа в алгоритмах с открытым ключом выбирается пользователем в зависимости от личных потребностей. Не следует использовать ключи длиной менее 1024 бит. Для DSA это максимально допустимая длина. RSA и ElGamal позволяют использовать ключи большей длины. Не следует, однако, выбирать слишком большую длину ключа, т.к. это приводит к увеличению времени шифрования и генерации/проверки подписей, увеличивает размер подписей. Не следует забывать и о том, что надёжность гибридной схемы не выше, чем у слабейшего из компонентов. Т.е., например, нет смысла использовать ключ длиной 4096 бит с хэш-функцией со значением 160 бит. Рекомендации по выбору размера ключа можно найти на сайте http://www.keylength.com/