Делать кластерное резервирование. Отказаться от использования MyISAM-механизмов. А лучше всего -- перейти от MySQL на нормальную СУБД с нормальной поддержкой многовариантности и согласованности по времени.

Вообще, вопрос стоит переформулировать: "Что делать, когда нефига не знаешь о MySQL?". Читайте соответствующую литературу. Проблематика резервного копирования хорошо проработана.

> Вообщем что можно сделать чтобы сайты были доступны в момент бекапа MySQL?

Особенно с учетом того, что:

> Также в течение дня делаются дополнительные бекапы для актуализации данных на
> резервном сервере.

Запускайте репликацию на бэкапный сервер, с которого и снимайте все требуемые вам "твердые копии" в дампы.

> Здравствуйте,
> при бекапе баз из MySQL частенько стали возникать проблемы с доступом к
> сайту. Веб-сервер начал долго грузить страницы, так как на время бекапа
> таблицы лочатся и есть задержка с доступом к ним. Со временем
> размер баз будет только увеличиваться и проблема станет особо остро.
> Сайты посещаемые. Веб-сервер + MySQL живут на одном сервере.
> Вообщем что можно сделать чтобы сайты были доступны в момент бекапа MySQL?
> Также в течение дня делаются дополнительные бекапы для актуализации данных на
> резервном сервере.

Если InnoDB - добавить опцию --single-transaction в mysqldump, если MyISAM - таки с резервного сервера только дампы брать.