Потому что система собственно не ориентирована на секьюрность..

В чем она хороша: в быстрой выкатке обновлений, в лёгкости и интересных подходах к формированию "образов" (из-за aufs), в том что требует мало ресурсов.

Вот это -- и есть те цели которая компания перед собой ставит (фактически). Секьюрность -- лишь в разумных пределах, "по пути" и насколько это возможно. Сама странице docker-а о security честно говорит что нельзя на докер полагаться в этом плане. И даёт советы не использовать root внутри docker-а...