Ну, к примеру, версионность Seafile однажды сильно помогла мне спасти один громоздкий конфиг, который я случайно запорол, но который у меня к счастью синхронизировался с помощью него. Использую Seafile для комфортной передачи файлов между несколькими компами дома, а также из дома на работу и обратно, без каких-либо флешек.
Про синхронизацию в Owncloud первый раз слышу. Может быть, для этого надо ставить их клиент? Ни разу его не ставил.
Кстати, Seafile такой же открытый, как и Owncloud, иначе я бы его не поставил. Исходники располагаются здесь: https://github.com/haiwen/