> так вот, если судить по коду учёных (подчеркну: некоторых, но это достаточно распространённое, чтобы немного обобщить), то у них в голове совершенная каша. причём не важно, вторая ли это программа в жизни, или сотая — каша не меняется и никуда не девается.

Это немножко беспредметно без участия обсуждаемого кода.  Вообще, математика - штука непростая, может вы просто что-то не поняли?)  Или речь о скриптах, написанных ради решения конкретной задачи?  Так я вам вообще страшную вещь скажу: с доски после семинара вовсе написанное вытирают вовсе.  Не до структурирования - абы слушатели поняли.

Вот вам мальчик для битья: scipy.org.  Может покажете пальцем на код, о котором писали?

> вот я и удивляюсь, что люди с такой кашей в голове таки могут хоть что-то делать.

У многих в IT - не профильное образование.  Причем вовсе не политологов, а как раз "физиков и математиков".  Не иначе - неприменный манагер-политолух помогает писать в этом случае без "каши"?