Зыж
> Во FreeBSD есть уровень бинарной совместимости compat4x-compat9x, гарантирующий работу унаследованных приложений в новых версиях операционной системы без их перекомпиляции.

Значит в твоей бзде с совместимостью гораздо хуже, чем в лине.

Вызывать сисколы можно 2-мя путями (3-ий на асме. Не переносим, не рассматривается): напрямую и через с-рантайм.
С первым проблем нет, но так редко кто поступает. Обычно (в 99%) используют либцэ (даже твоя жаба).
За второй, на правах системной библиотеки, отвечает glibc (или её аналоги). Как правило glibc полностью обратно-совместима и по АПИ, и по АБИ. Изменения бывают только в случае если критическую недоработку по другому не исправишь.
И траблы с переносом если бывают, то именно из-за неё. Потому как это приличных размеров проект (почти как жаба. У коей со сменой мажорной версии такие траблы, что многие до сих пор на 1.5, 1.4 и даже на 1.3)
Компат в линухе тоже был. Когда переходили с libc5 на glibc6.
В твоей бзде (предполагаю) сейчас таже хрень творится из-за перехода на шланг и его рантайм. Или всё ещё гораздо хуже — либц меняют как хотят, а библами вида "компат" образовавшиеся дыры затыкают.