> На Illumos построен joyent, крупный хостинг.То есть примеры хоть единичные, но есть,

Единичные примеры хакеров не очень интересуют. Возни много а профита - не очень. Вот и возникает подозрение на неуловимого Джо. В том плане что у саней код в плане качества - самый обычный, тезис о том что его качество на голову выше других (например, тех кто пишет пингвин) - надо как минимум доказать. Хотя-бы прогнав анализатор типа coverity на сорце и сравним число проблем на единицу объема кода. А поскольку этого ессно не сделано - это все обычное блаблабла. Насколько я знаю, у пингвина в целом с качеством кода все довольно хорошо и там качество выше чем в среднем по отрасли.

> три очень крупных хостинга из рейтинга netcraft на freebsd,

Цифры приводимые неткрафтом в основном показывают "кто больше неактивных сайтов у себя на шареде понастрогал". А где у них, собственно, оценка размеров хостинга? Ну там число серверов, например? Или какой-то иной вменяемый критерий.

> и указанные проекты не меньше чем hetzner.

Как бы никто не писал этот бэкдор лично под hetzner как вы понимаете. Это скорее всего какой-то типовой универсальный бэкдор на который они по недосмотру нарвались.

> Если нашлись ломать hetzner, то почему бы не ломать joyent или кого-то
> из тех, кто на BSD?Но примеров тому нет.Думается, что это не случайно.

Потому что кастомная атака под кого-то конкретного - совсем не то же самое что просто ситуация "упс,  мы облажались и версия софта с бэкдором утащила нашу инфраструктуру в ботнет".