Собственно панели управления хостингом, которые устанавливают софт не из репозитория дистрибутива, вызывают ряд неприятностей, тут описана одна из них. Панели, которые строят свой огород, обходя пакетную базу дистрибутива, не контролируют процесс обновления ПО в своём огороде. Поэтому ПО со временем стареет, а обновлять вручную сложнее, так как этот процесс обычно либо плохо описан, либо не описан вообще. За симпатичной и красочной веб оболочкой часто прячется такой лес кода, который может удивить даже бывалого разработчика.

P.S.  Работая с cpanel, лично у меня она, никаких приятных эмоций не вызвала. Никого не хочу обидеть это только мое мнение.